事、行、瑜伽外三乘比共三乘有方面多、根器利等特點，卻低於內三乘。
無上瑜伽：密教內三乘相當於密教四部中的無上瑜伽部，寧瑪派把它分成無上父續、無上母續和無二續。
無上父續即『瑪哈瑜伽』，又叫『方便父續』，『生起瑜伽』。
修行者受灌頂後，通過有尋有伺定、無尋有伺定和無尋無伺定修煉明空光明智慧。
無上母續，即『阿耨瑜伽』，又稱『智慧母續』，寧瑪派把它看成是界大樂瑜伽續，專門闡述空點。
接受內、外、秘36種灌頂後，修煉增長樂空智的方便道，然後再修煉脈、明點、氣瑜伽，證達大樂光明智慧，在即生求證大樂身。
無二續，即『險底瑜伽』，也叫『大圓滿阿底瑜伽』和『無二續口訣阿底瑜伽』，是寧瑪派的最高法門，倡導以進入無生的自性或普遍心證達諸法本空。
在《知識總匯》中說：『寧瑪派的三瑜伽《即指內三乘》有無數個修習次第，但最根本隻有有相和無相兩種』這就是說，不管是無上父續、無上母續，還是無二續，都要先修有相瑜伽，再修無相瑜伽，這是大次第中的小次第。
還有根據行人的根器不同，有頓修和漸修。
總之，寧瑪派把整個佛教劃分為9個方面，稱為『九乘』，這『九乘』猶如9級臺階，是行人登上佛法之頂的梯子，是學修大小乘顯密教法的次第